19 декабря 1806 года он подал прошение об отставке. Заслуги Ушакова не были оценены этим царем по достоинству, и в 1807 году Александр I отправил его в отставку. Святой воин Феодор принял это достойно. Во все время его службы вера в Бога и высокие нравственные принципы руководили поведением адмирала. Привитые с юности кротость, скромность и самопожертвование, в совокупности с преданностью Отечеству, позволили Ушакову принять такой поворот судьбы спокойно. Еще в 1804 году он написал отчет о своей службе отечественному флоту, в которой так подытоживал свою деятельность: «Благодарение Богу, при всех означенных боях с неприятелем и во всю бытность онаго флота под моим начальством на море, сохранением Всевысочайшей Благости ни одно судно из онаго не потеряно и пленными ни один человек из наших служителей неприятелю не достался».
Отойдя от служебных дел, праведный воин некоторое время провел в Санкт-Петербурге. Но душа адмирала, от младенчества приобретшая Господа, вместо сутолоки столицы искала покоя для уединения и молитвы. И он принял решение, исполненное глубокого духовного смысла: избрал для жительства тихую деревню Алексеевку, в Темниковском уезде, вблизи Санаксарского Рождество-Богородицкого монастыря, где в годы его ратных подвигов молился о нем его родной дядя – преподобный Феодор. Несомненно, что молитвенное их общение никогда не прерывалось. Потому и устремилась сюда, к святой обители душа праведного Феодора, что здесь подвизался о Господе и упокоился духовно близкий ему человек. Монах и моряк – они оба были воинами Христовыми, оба делали одно дело – ревностно служили Господу на том поприще, на которое Он их от юности призвал и поставил.
Сохранилось свидетельство тогдашнего настоятеля монастыря иеромонаха Нафанаила о завершающем периоде земной жизни Феодора Феодоровича: «Адмирал Ушаков, сосед и знаменитый благотворитель Санаксарской обители, по прибытии своем из Санкт-Петербурга, вел жизнь уединенную в собственном своем доме, в деревне Алексеевке, расстоянием от монастыря через лес версты три, по воскресным и праздничным дням приезжал для богомолья в монастырь к службам Божьим во всякое время. В Великий пост живал в монастыре в кельи, для своего пощения и приготовления к Св. Тайнам по целой седмице и всякую продолжительную службу с братией в церкви выстаивал неопустительно и слушал благоговейно; по временам жертвовал от усердия своего обители значительные благотворения; так же бедным и нищим творил всегдашние милостивые подаяния и вспоможения».
Остаток дней своих, по словам того же иеромонаха Нафанаила, святой адмирал провел «крайне воздержано и окончил жизнь свою как следует истинному христианину и верному сыну Святой Церкви 1817 года октября 2-го дня и погребен по желанию его в монастыре подле сродника его из дворян, первоначальника обители сия иеромонаха Феодора по фамилии Ушакова же».
Да, когда многолетняя блестящая карьера этого удивительного человека была окончена, он, имея высокое звание полного адмирала, ордена и награды, имея законную возможность остаться в светском обществе, где его все без исключения уважали и ценили, а юноши преклонялись перед ним как перед героем, праведный Феодор Ушаков предпочел уединиться в своей деревне. Его жизнь в преклонном возрасте была более похожа на монашескую. Он никогда не был женат, и все свои сбережения тратил на благотворительность. Большие взносы он делал на благо Церкви и Санаксарской обители, участвовал в судьбе несчастных и обездоленных, взял на попечение осиротевших племянников. Некогда грозный адмирал русского флота жил в скромности и даже можно сказать в бедности, так как считал это достойным настоящего христианина. Он много молился и подолгу жил в монастыре, часами простаивая в церкви на продолжительных уставных богослужениях. Во время Отечественной войны 1812 года Ушаков был избран начальником ополчения Тамбовской губернии, но из-за болезни отказался от этой почтенной должности. Тем не менее, праведный и самоотверженный, адмирал организовал госпиталь для раненых, а также пожертвовал крупные суммы на ополчение и его нужды.
После праведной кончины Феодора Феодоровича прошло почти два столетия. Но его подвижническая и высокодуховная жизнь, его добродетели не были забыты в родном Отечестве и в благодарной ему далекой Греции. И там, и там ему поставлены памятники.
В годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годов воинская слава Феодора Феодоровича Ушакова была вспомянута с именами святых благоверных князей-воинов Александра Невского и Димитрия Донского, и вдохновляла к подвигу новых защитников Родины. Был учрежден орден адмирала Ушакова, который стал высшей боевой наградой для некабинетных флотоводцев.
Как уже указывалось, Феодор Феодорович Ушаков мирно почил 2 (15) октября 1817 года в своем имении в деревне Алексеевка. Отпевали его в Спасо-Преображенской церкви города Темникова. А когда гроб с телом усопшего адмирала при большом стечении богомольцев был на руках изнесен из города, и его хотели поставить на подводу, почитающий его народ самого разного звания продолжал нести подлинного своего Героя до само?й Санаксарской обители, где он и был похоронен.
Святой воин был погребен по правую руку своего преподобного дяди. Могила Санаксарского старца Феодора была «окружена решеткой и покрыта плитой аспидного камня», а на могиле адмирала тщанием его племянника капитан-лейтенанта Ф.И. Ушакова был «поставлен памятник в виде колонны, посредине которой встроен куб с надписями, а наверху помещена урна из черного мрамора с позолоченным шаром и крестом».
В 1909 году над могилами преподобного старца Феодора и его племянника святого праведного воина Феодора была воздвигнута пятиглавая увенчанная крестами часовня. Но стоять этой часовне довелось всего лишь двадцать с небольшим лет. Грянули революция и Гражданская война. После них установилась новая власть и новые порядки, которые очень скоро затронули и совсем скромный и небогатый Санаксар.
После изгнания монахов в 1920-х годах монастырь несколько раз переходил из рук в руки. Еще в 1932 году была разрушена до основания часовня над могилами чтимых ныне святых. А в городе Темникове распространился слух о том, что могила адмирала Ушакова была вскрыта неизвестными людьми для ограбления захороненных с ним драгоценных орденов, золотых шпор и золотой шпаги.
В 1944 году здесь велись целенаправленные раскопки, целью которых было найти останки славного адмирала, чтобы восстановить его былой облик по методу антрополога М.М. Герасимова. Этот довольно бесцеремонный «способ увековечивания памяти» уже многократно апробировался профессором на самых разных великих исторических личностях. Нелепым, но всеми признанным основанием для проводимой эксгумации послужила необходимость разработать орден с изображением непобедимого при жизни Ушакова.
При исследовании захоронения выяснилось, что ранее какие-то грабители, вскрыв свод и обнаружив хорошо сохранившийся гроб, взломали правую половину крышки и обнаружили останки, видимо прекрасно сохранившиеся. Во всяком случае, при попытке ограбления, грабители пытались снять костюм. Перерыв все содержимое гроба, грабители оставили останки в сильно потревоженном состоянии…
И сама комиссия тоже оказалась «хороша», так как изъяла обнаруженные остатки адмиральского костюма и остатки обивки и ручки его гроба «для научной обработки и экспозиции в Центральном Военно-Морском Музее».
Останки праха и доски гроба, в котором был погребен Ф.Ф. Ушаков, уложили в специально изготовленный гроб и погребли в старой могиле, а над местом захоронения положили каменную плиту родственницы адмирала Ушакова. Местная власть обязалась обеспечить сохранность праха. По окончании антропологического изучения и работ по восстановлению внешнего облика лица адмирала, его потревоженную главу возвратили к первоначальному месту захоронения.
Раскопки, проводимые в мае 1999 года выявили, что тогда в 1944 году комиссия Герасимова «заглянула» и в склеп и гроб Санаксарского первоначальника, преподобного старца Феодора и тоже извлекала его голову.
В 1991 году Санаксарский монастырь был возобновлен. Оставшиеся нетленными честные мощи покоившихся рядом святых дяди и племянника были обретены в один и тот же благословенный день 4 мая 1999 года.
Первый и старший из святых Ушаковых – преподобный старец Феодор Санаксарский (1718-1791) – был прославлен как местночтимый подвижник Саранской и Мордовской епархии 10-11 июля 1999 года (с празднованием памяти обретения его мощей 19 февраля / 4 марта и его преставления 21 апреля / 4 мая). А уже летом 2000 года посвященный Юбилею Рождества Христова Архиерейский Собор Русской Православной Церкви утвердил его общецерковное почитание.
Второй же и младший из них – праведный воин Феодор (1745-1817) – был канонизирован Русской Православной Церковью как Санаксарский по месту своего погребения святой Саранской епархии 5 августа 2001 года, а 6 октября 2004 года Архиерейский собор Русской Православной Церкви причислил его к общецерковным святым с памятями, совершаемыми 23 мая / 5 июня (в Соборе Ростовских святых), 23 июля / 5 августа (как день его прославления) и 2/15 октября (воспоминание его преставления).
Их святые мощи пребывают в храме Усекновения главы святого славного и всехвального Пророка и Предтечи Господня Иоанна в древней Рождество-Богородицкой мужской Санаксарской обители.
Агапит (Юрков), архим., насельник Одесского Свято-Успенского мужского монастыря.