За несколько лет перед тем Темниковский воевода Неелов упросил старца Феодора стать его духовным отцом, на что тот согласился с тем условием, чтобы воевода повиновался ему во всем, что касается спасения. Сначала он действительно был послушен своему старцу, но потом стал нарушать посты, делать притеснения подчиненным и при каждом удобном случае брать с них поборы. Все увещания и обличения святого Феодора были тщетны. Как-то в самую горячую пору полевых работ воевода заставил крестьян строить ему покои. Те пришли к отцу Феодору с просьбой заступиться за них перед воеводой, выпросить им позволение убрать поля, чтобы не умереть от голода. Тронутый их бедствием старец 24 октября 1773 года поехал в город Темников и хотел поговорить с Нееловым прямо на месте затеянного им строительства, но тот уже отбыл в свой дом. Старец отправился за ним следом. Тогда давно тяготившийся его наставлениями и упреками воевода велел позвать преподобного в канцелярию. И, когда старец по праву духовного отца безбоязненно пересказал своему духовному сыну все его неправды и убеждал прекратить притеснения бедных, тот вызвал собранных в другой комнате свидетелей-чиновников в «присутствие», и велел записать в протокол, что настоятель Санаксарской пустыни называл его «при зерцале» грабителем; а затем представил составленный обвинительный протокол воронежскому губернатору. Губернатор донес об этом императрице Екатерине II, а та дала повеление расследовать дело Синоду. Следует отметить, что обвинение старца Феодора в непочтительности к власти и чуть ли не в подстрекательстве к бунту было выдвинуто в самый разгар связанных с Пугачевым событий.
В ноябре 1773 года из темниковской воеводской канцелярии было донесено и во владимирскую консисторию, что 24 октября Феодор явился в канцелярию в судейскую камеру в «присутствие» воеводы, и говорил ему, что он разоритель и грабитель народа. На требование консистории Феодор объяснил свой поступок тем, что до него дошли многие жалобы на грабительство воеводы. Губернатор вызвал старца в Воронеж для расследования, и он отправился туда вместе со своим послушником и учеником Феодором Соколовым. Преподобный подал объяснительную записку и немедленно был отпущен. На обратном пути он посетил Задонскую обитель, чтобы принять благословение находящегося там на покое святителя Тихона, и провел в совместных беседах и молитве с этим подвижником три дня и три ночи.
В январе 1774 года воронежский губернатор сообщил в Синод, что Санаксарский строитель обратился к нему с жалобами на воеводу, но обвинения его оказались несправедливыми. Не удержался от того, чтобы подлить масла в огонь и Владимирский преосвященный Иероним, который донес Синоду, что настоятель Санаксарского монастыря иеромонах Феодор оказался виновен и в том, что в 1768 году он без ведома архиерея лишил священнослужения и братской трапезы иеромонаха Венедикта и иеродиакона Пармена за то, что они просили освободить их по слабости здоровья от установленной Феодором в церкви продолжительной службы. Когда названные монахи для жалобы самовольно отлучились во Владимир и Москву, Владимирский епископ Павел за самовольную отлучку послал их на год во Флорищеву пустынь на работы и в чередное служение с тем, чтобы по прошествии года они снова вернулись в Санаксарскую обитель. Но Феодор остался недоволен таким решением и требовал, чтобы виновные были возвращены для несения положенной епитимьи в его монастырь. Когда же архиерейским указом дано было ему знать, что по 39-му Апостольскому правилу лишь архиерей имеет право запрещать в священнослужении, Феодор, не признавая себя виновным, в своем рапорте толковал Правила и указы с досаждением и поношением для своего архиерея, что апостольское слово и гражданские указы приказывают покоряться таким пастырям, которые хранят Божии законы и порученных им содержат законно, а не тем, кто идут против законов Божиих и судят неправедно. Епитимья виновным монахам, по мнению Феодора, была наложена архиереем неправильно и потакала их самовольству, а если бы они были присланы к нему, то епитимья им была бы чувствительнее. Феодор требовал переноса дела на суд Синода, но за смертью епископа Павла († 9.08.1769) об этом дерзновении его никакого представления тогда сделано не было.
Опираясь на все эти сведения, Синод на своем заседании 24 мая 1774 года нашел старца Феодора заслуживающим за все указанные дерзновения лишения настоятельства и священства. Сенат добивался для преподобного еще более строгого наказания в виде лишения его монашества и предания светскому суду. И так как старец был из дворян, то дело было представлено на утверждение государыни, которая 16 июня 1774 года повелела «онаго Феодора, лиша настоятельскаго и иеромонашескаго звания, отослать яко человека безпокойнаго простым монахом в Соловецкий монастырь, препоручив начальнику онаго монастыря неослабное за ним смотрение».
14 июля 1774 года святой в сопровождении конвоя из двух солдат отправился в дальний путь на Соловки, куда его с неописуемой скорбью и жалостью провожали из Санаксара ученики, а из Арзамаса ученицы.
Хотя преподобный Феодор был сослан не в качестве заключенного, а как поднадзорный монах, положение его оказалось очень сложным. По приезде в обитель ссыльного монаха поместили в похожую на каменный мешок келью, где старец сильно страдал от холода и угара, из-за которого не раз был близок к смерти, так, что его выносили из кельи и оттирали снегом. Эти лишения сильно подорвали его здоровье, и преподобный до конца своей жизни страдал мучительными приступами удушающего кашля. Там старец Феодор провел в скорбях и болезнях долгих девять лет, и жил бы до смерти, если бы Промысл Божий не устроил ему возвратиться оттуда в родную Санаксарскую обитель. Случилось так, что один из учеников отца Феодора – иеродиакон Феофан, бывший при нем в Санаксаре послушником Феодором Соколовым, стал в 1783 году келейником и доверенным помощником Санкт-Петербургского и Новгородского митрополита Гавриила, и как только представилась ему такая возможность, попросил владыку защитить своего безвинно страждущего старца, и освободить его из Соловецкого заточения.
Ни один из источников не упоминает того обстоятельства, что с именем преосвященного Гавриила (Петрова) связаны не только оправдание, но и осуждение старца Феодора. Так, что из их чтения может создаться ошибочное впечатление имевшего место снисходительного заступничества всесильного митрополита в ответ на просьбу своего келейника без каких-либо личных чувств и мотивов. Но Господь все устроил так, чтобы судьбу преподобного Феодора теперь решали непосредственные участники тех давних событий: бывший Санаксарский послушник иеродиакон Феофан (Соколов) – достойный ученик святого, знавший всю правду о его исповедническом подвиге, сопровождавший своего старца в Воронеж для дачи показаний губернатору и даже писавший тогда объяснительную записку под диктовку преподобного; митрополит Гавриил (Петров), бывший с 1770 года архиепископом Санкт-Петербургским и Ревельским и первенствующим членом Святейшего Синода, в 1774 году осудившего оклеветанного старца; и лично знавшая Санаксарского строителя Феодора императрица Екатерина II, собственноручно одобрившая предложение Синода.
В Великий Четверток 1783 года митрополит Гавриил, совершая чин умовения ног в дворцовой церкви, объяснил после службы дело отца Феодора Екатерине, и уверил ее, что старец страдает напрасно и, уже девятый год находясь в Соловецком заточении, совершенно изнемог от холодного климата и разных лишений. Государыня не стала медлить с исправлением собственного несправедливого решения. На другой день – 18 апреля – к преосвященному было прислано ее высочайшее повеление о возвращении монаха Феодора из Соловецкого монастыря в Санаксарскую обитель в прежнем сане иеромонаха. Владыка тут же принял его к исполнению.
Почти через полгода – 9 октября 1783 года старец прибыл в Арзамас, и к общей радости своих учениц остановился на созданном им в свое время Санаксарском подворье. К нему пошло неисчислимое множество людей – настоятелей окрестных монастырей, монахов, священников, горожан, купцов, дворян – все искали возможности благословиться у преподобного и услышать его слово. По прошествии недели он отправился в свою родную обитель, где братия устроила ему торжественную и теплую встречу.
Строгая жизнь и пастырские дарования святого вновь начали привлекать к нему многих монашествующих и мирских людей. И вместе с тем подали повод сначала к ревности, а затем и к зависти к преподобному со стороны ставшего в 1778 году Санаксарским настоятелем иеромонаха Венедикта. Он и обличаемые ревностным старцем нерадивые братия восстали на святого, и стали жаловаться епархиальному начальству, будто отец Феодор смущает обитель: ученики ходят к нему безвременно толпами, и братия расстраивается его неблагоразумными советами, чуждаясь и желая сместить законного настоятеля. Велено было провести по этому поводу расследование. И вследствие разбора пристрастно поданного настоятелем Венедиктом дела, святой стал жить взаперти. Никому из мирян и братии не дозволялось входить к старцу и говорить с ним о духовных нуждах, а его Алексеевские ученицы в это время разрешали свои недоумения через получаемые от отца Феодора письма.
Лишь после того, как Санаксарская обитель была переподчинена Тамбовской епархии, и с 22.09.1788 года епархиальным архиереем для монастыря стал Тамбовский и Пензенский епископ Феофил (Раев), бывший викарий Новгородской епархии покровительствующего преподобному Феодору митрополита Гавриила, а указом Тамбовской духовной консистории от 14 февраля 1789 года в должности Санаксарского настоятеля был утвержден бывший до этого казначеем монастыря один из преданных учеников и первых пострижеников старца Феодора иеромонах Вениамин, преподобный Феодор получил полную свободу и разрешение на выезды, и в оставшиеся два года своей жизни несколько раз ездил в Арзамас к своим духовным детям, чтобы лично побеседовать с ними и разрешить их духовные нужды.
Святой старец Феодор мирно отошел в вечность в среду сырной седмицы, в десятом часу вечера 19 февраля 1791 года, и без всяких признаков тления был погребен у соборного храма возрожденной им обители.
Посмертное почитание преподобного Феодора началось в самый день его упокоения, когда у его святого гроба собралось бесчисленное множество его учеников и учениц, которые оплакивали кончину своего старца и в день его погребения, 22 февраля 1791 года, с благоговением выслушали надгробную речь, сказанную от их лица, иереем Николаем.
Через три месяца преподобный Феодор в великой славе явился во сне своему тяжко болевшему ученику, архимандриту Тихвинского монастыря Игнатию, исцелил его и показывал свою небесную обитель с множеством просторных келий для верных учеников и учениц старца из мирян и монашествующих, о чем тот тут же написал в Арзамас Алексеевским сестрам.
В написанном преподобным старцем Паисием Величковским осиротевшей после кончины старца Феодора его ученице настоятельнице Алексеевской общины, схимонахине Марфе (Марии Петровне Протасьевой) письме, он называет «покойнаго во блаженной памяти отца Феодора» «истинным ко спасению наставником», «святым мужем», «духовным отцом и учителем», учащим жить «в совершенном, по Божественному писанию и преданию и учению святых Отец наших, послушании и во всем отсечении воли своея и разума», и подающим «наставление духовное». Из чего следует, что преподобный Феодор был известен святому старцу Паисию, уважаем и почитаем им, и был совершенно самостоятельным старцем.
В Алексеевской общине бережно хранился портрет старца Феодора, написанный по просьбе Марии Петровны после его кончины.
Среди следующих настоятельниц Алексеевской общины верной (хотя и заочной) ученицей старца Феодора была Ольга Васильевна Стригалова, прибывшая в общину в августе 1792 года, через полгода после кончины преподобного. Через два года она тайно была пострижена в схиму с именем преподобной Олимпиады, в 1813 году, по кончине схимонахини Марфы вынуждена была уступить просьбам сестер и занять ее место, с честью исполняя обязанности настоятельницы 25 лет. Почила же и сподобилась быть погребенной в стенах Свято-Успенской Киево-Печерской лавры 6 августа 1828 года на 56 году от рождения (ныне покоится своими святыми мощами в Свято-Введенском Киевском мужском монастыре).
Была в Алексеевской общине при настоятельницах-схимонахинях Марфе и Олимпиаде и своя блаженная подвижница Елена из дворян Дяртьевых, славившаяся подвигом Христа ради юродства, прозорливостью и чудотворениями. Еще одна настоятельница, Марфа Павловна, хоть и правила после схимонахини Олимпиады, но преподобного помнила хорошо, так как ее сиротой привели в Алексеевскую обитель трех лет от роду и вся ее жизнь фактически протекла в стенах Арзамасского монастыря. Все упомянутые подвижницы свято чтили память и заветы старца Феодора.
Что касается Санаксарской обители, то, несмотря на все изменения, касавшиеся уставных правил, заметного смягчения обычаев, введенных приснопамятным старцем Феодором, не произошло. Нищенство, перенятое у преподобного его первыми учениками, уступило место той неброской скромности, значение которой самими обитателями монастыря вряд ли осознавалось, настолько она казалась привычной. Зато со стороны особенности Санаксара виделись хорошо, и лишнее подтверждение тому – стойкий авторитет обители у нескольких поколений почитателей духовного подвига преподобного Феодора.
В 1809 году в Темниковском уезде, в принадлежавшей ему тихой деревне Алексеевке, расположенной вблизи Санаксарского монастыря, поселился отошедший от дел адмирал Феодор Феодорович Ушаков, почтивший тем самым память своего родного дяди, горячо молившегося в воссозданной им святой обители о победах русского флота, предводительствуемого его любимым племянником. Святой праведный русский воин, от младенчества взыскавший Господа, нашел в этой родной для себя обители идеальное место для щедрого благотворения, а также для уединения, богомыслия и молитвы. После своего упокоения он был похоронен рядом с преподобным дядей. А ныне канонизирован как святой праведный воин, сохранивший свое целомудрие, имевший твердую православную веру, и по милости Божией не потерпевший ни одного поражения, не потерявший убитыми и пленными ни одного своего моряка.