По смерти Екатерины в 1796 году на престол вступил Павел I.
В то время умертвившая своего монарха революционная Франция «обратилась к завоеванию и порабощению соседних держав». Франция настраивала Турцию на войну с Российской империей, и туркам, конечно же, хотелось возвратить отторгнутые у нее земли Крыма; но, с другой стороны, непосредственное соседство на Балканах с французами становилось для Оттоманской Порты опасным. Вице-адмирал Ушаков получил приказ привести Черноморский флот в боевую готовность. И вскоре султан Селим III принял предложение Павла I о союзе против Франции, и обратился к нему с просьбой о присылке вспомогательной эскадры. В 1798 году Ушаков был назначен на должность главнокомандующего Средиземноморским флотом c объединенными турецко-русскими военно-морскими силами. Здесь Феодору Феодоровичу, приобретшему теперь мировую известность, было поручено «тотчас следовать и содействовать с турецким флотом против зловредных намерений Франции». При этом турки, на собственном опыте зная его искусство и храбрость, полностью доверили ему свой флот. Более того, турецкое правительство поручило своим командирам не только подчиняться талантливому русскому флотоводцу, но и старательно учиться у него.
Явное благословение Господа сопровождало святого адмирала Феодора Ушакова и во время знаменитой Средиземноморской кампании. И здесь он показал себя не только как великий флотоводец, но и как мудрый государственный деятель, милосердный христианин и благодетель освобождаемых им народов.
Первой задачей эскадры было взятие Ионических островов, расположенных вдоль юго-западного побережья Греции, главный из которых – Корфу, имея и без того мощнейшие в Европе бастионы, был дополнительно укреплен французами и считался неприступным. Коренные жители занятых французами островов были православными греками, а на Корфу находилась (пребывающая там и доныне) великая христианская святыня – нетленные мощи святителя Спиридона Тримифунтского. Феодор Ушаков поступил премудро: он, прежде всего, обратился с письменным воззванием к жителям островов, призывая их содействовать в «низвержении несносного ига» безбожников-французов. Ответом была повсеместная вооруженная помощь населения, воодушевленного прибытием русской православной эскадры. И как ни сопротивлялись французы, ушаковский десант своими умелыми и решительными действиями освободил остров Цериго, затем Занте и Кефалонию.
С самого начала совместной кампании и особенно когда перешли к военным действиям, выяснилось, что от турецкой вспомогательной эскадры помощи было менее чем неприятностей и хлопот. Греческое население островов открывало двери русским и захлопывало их перед турками. Феодору Феодоровичу приходилось непросто, и он проявил много рассудительности, терпения, политического такта, чтобы соблюсти союзные договоренности и удержать турок от присущих им безобразий, главным образом, от необузданного варварства и жестокости.
Затем был взят остров Видо. А на следующий день, 19 февраля 1799 года, пала крепость Корфу. Это был день великого торжества адмирала Феодора Ушакова, торжества его богодарованных военного таланта и твердой воли, поддержанных храбростью и искусством его подчиненных, их доверием к своему столь угодного Богу победоносному предводителю и его благодатной уверенностью в их непоколебимом мужестве. Это был день торжества православного духа. Узнав о победе при Корфу, гениальный полководец А.В. Суворов воскликнул: «Ура! … зачем не был я при Корфу хотя мичманом?»
На второй день после сдачи крепости, когда главнокомандующему привезены были на корабль «Святой Павел» французские флаги, ключи и знамя гарнизона, он сошел на берег, «торжественно встреченный народом, не знавшим границ своей радости и восторга, и отправился в церковь для принесения Господу Богу благодарственного молебствия. А 27 марта, в первый день Святой Пасхи, адмирал назначил большое торжество, пригласив духовенство совершить вынос мощей Угодника Божьего Спиридона Тримифунтского. Народ собрался со всех деревень и с ближних островов. При выносе из церкви святых мощей расставлены были по обеим сторонам пути, по которому пошла процессия русские войска; гробницу поддерживали сам адмирал, его офицеры и первые чиновные архонты острова; святые мощи обнесены были вокруг крепостных строений, и в это время отовсюду производилась ружейная и пушечная пальба: Всю ночь народ ликовал».
За победу при Корфу Павел I произвел Феодора Ушакова в адмиралы. Это была последняя полученная им награда.
Воздав благодарение Богу, Феодор Феодорович продолжил выполнение возложенных на него задач. Требовалось образовать на освобожденных островах новую государственность, и адмирал Ушаков как полномочный русский представитель, не поступаясь своими христианскими убеждениями, сумел создать на Ионических островах такую форму правления, которая обеспечила всему народу мир, тишину и спокойствие. Так образовалась Республика Семи Соединенных Островов – первое греческое национальное государство нового времени.
В тоже время, попущением Божьим, пришлось Феодору Феодоровичу претерпеть великие нравственные страдания. Прежде всего, некоторые турецкие военноначальники, разгневанные строгими мерами праведного ад-мирала, решительно пресекавшего жестокости и кощунства турок, гра-бивших церкви и разорявших иконостасы, начали клеветать на святого Феодора, обвиняя его перед русским посланником в Константинополе в том, что адмирал-де неправильно распределяет между союзными эскадрами призовые, полученные за победу, к тому же присваивая их себе. Так что по-христиански честный и нестяжательный Феодор Феодорович должен был объясняться!
Было и другое: лучшие качества Феодора Ушакова как воина-христианина, например, его милосердие к пленным, входили в конфликт с интересами государственной власти. Ведь взятых в плен необходимо было приемлемо разместить, охранять и защищать, кормить и лечить…
И наконец, положение самой русской эскадры, которой необходимо было продолжать военные действия против французов, оставалось во многих отношениях тяжелым. Прежде всего, продовольствие, поставляемое турками из Константинополя, было весьма плохого качества, да и поставлялось не вовремя; эти «и прочие разные обстоятельства, – писал праведный адмирал, – повергают меня в великое уныние и даже совершенную болезнь. Изо всей древней истории не знаю и не нахожу я примеров, чтобы когда какой флот мог находиться в отдаленности без всяких снабжений и в такой крайности, в какой мы теперь находимся: Мы не желаем никакого награждения, лишь бы только служители наши, столь верно и ревностно служащие, не были бы больны и не умирали с голоду». Эти его слова, полные скорби и недоумения от происходящего, многого стоят. Что же помогло устоять русским морякам против стольких испытаний? Несомненно, их православный дух, их патриотизм, великий пример их образцового главнокомандующего и их всеобщая любовь к нему – «батюшке нашему Феодору Феодоровичу».
А между тем миссия его в Средиземном море еще не закончилась. В Северной Италии русские под предводительством славного Суворова громили «непобедимую» армию французов. Суворов просил адмирала Ушакова оказывать ему всемерную поддержку с юга. И вот, находясь в теснейшем взаимодействии, они били французских республиканцев на суше и на море. Два великих христианина – полководец и флотоводец – показали всему миру, что такое настоящее православное воинство.
Предстояло еще взятие Мальты, но тут в связи с ухудшением отношений между союзниками на исходе 1799 года адмирал Феодор Ушаков получил приказ царя Павла о возвращении вверенной ему эскадры на родину. И 26 октября 1800 года эскадра адмирала Феодора Ушакова вошла в Севастопольскую бухту.
В ночь на 11 марта 1801 года Павел I был убит придворными заговорщиками, и на престол взошел его сын Александр I. Политика менялась, и вскоре адмирал Феодор Ушаков был переведен с Черного моря в Санкт-Петербург. При царском дворе возобладало мнение о ненужности большого флота для «сухопутной» России. Даже тогдашний морской (!) министр высказался о флоте в том смысле, что «он есть обременительная роскошь»…
Продолжая нести службу уже в должности главного командира Балтийского гребного флота, начальника Петербургских флотских команд и председателя квалификационной комиссии «по производству в классные чины шкиперов, подшкиперов, унтер-офицеров и клерков Балтийских и Черноморских портов», образованной при Морском кадетском корпусе, Феодор Ушаков старался и эти обязанности исполнять с ревностью и усердием, как это вообще было ему свойственно в любом деле. С болью следил он за происходившим в Европе: близился к завершению один из этапов франко-русской войны, готовился мир в Тильзите; Александр I сделался союзником Наполеона Бонапарта, а Ионические острова опять готовили передать «зловредным» французам! Да святому воину-адмиралу Феодору предстояло пережить и это…